为了建设和管理好保护区，保护区制定了《大沾河湿地自然保护区管理规定》、《巡护制度》等各项规章制度，工作人员每周两到三次沿着制定的巡护路线观测，监测自然保护区生态系统、物种及其变化规律；并按要求在巡护表格和巡护日志上进行详细记录。制止了保护区内偷猎、盗伐、开荒等非法活动，确保自然保护区的完整性和保护区核心区内无人为干扰。此外，在巡护过程中，巡护人员还收集了野生动物种群、生境、物候等方面的资料，对保护区生态系统及物种的变化进行长期的监测，为保护区的管理提供决策信息。